Este es un problema bastante curioso, después de crear el esqueleto y usar la técnica Physique sobre el modelo en 3dsmax, la cosa iba bien, estaba el esqueleto alineado y centrado con el modelo, hasta que lo exporte al formato fbx.
Lo abro con el Motion Builder, y me aparece esto:
El modelo esta desplazado del esqueleto, y por más que muevo el modelo no deja centrarse, como si estuviera bloqueado, y si muevo el esqueleto se mueve el modelo también.