Hola jobercam. Supongo que estas visualizando el resultado en el ordenador, y por lo qué. Dices tiene toda la pinta de que no estas utilizando el códec apropiado.
¿Qué códec has usado en After Effects para renderizar? si has creado un.
Avi sin compresión, o uno con una calidad muy alta y usas un PC normal.
Para visualizarlo, es normal que te pase eso si no tienes un hardware.
Dedicado (tarjeta de edición de video).
Si la finalidad es visualizar el video en un PC, After Effects comprime muy bien.
Videos QuickTime, con la compresión h264 por ejemplo, consiguiendo una.
Calidad bastante buena.
Si por el contrario, es para televisión o DVD, hay que renderizar por campos, tanto.
En el software 3d como en After Effects, y a la máxima calidad posible. Saludos.