Los clips de video base van en las pistas video1 y video2. Los clips de transparencias tienes que colocarlos en las pistas 2 y 3.
Click derecho sobre el clip y buscas las opciones de transparencia, luego en las opciones por transparencia seleccionas canal alfa. Para escalar usa las opciones de motion, tendrás una ventana con opciones para animar la posición y el escalado del clip de video. Un saludo.