Según tengo entendido Pixar era en la mayor parte independiente en cuanto a la historia, me parece que lo principal de la ruptura entre Disney y Pixar es que Disney mantenía los derechos de los personajes (de hecho, Disney ya está planeando un estoy story 3 sin Pixar, y está el caso de la serie Buzz Lightyear of Star command, que aparte de la animación de introducción, Píxar no tenía nada que ver) y Pixar quería de ahora en adelante mantener los derechos de sus personajes.
De hecho, Eisner (presidente de Disney) le decía a los socios continuamente que basado en lo poco que había visto de buscando a Nemo iba a ser un fracaso comercial y que le iba a servir a Pixar para poner los pies sobre la tierra y no darse aires de grandeza, me hubiera gustado verle la cara cuando pasó al Rey León convirtiéndose en la película animada más taquillera en los Estados Unidos (y creo que también la más vendida en DVD).