Hombre, el pesado de vértices esta para algo, no es aplicar el Physique y a correr, por algo existen los departamentos de setup en los estudios, lo que tienes que hacer, explicado a grandes rasgos, es asignar para cada vértice de tu malla un peso en referencia a un hueso del bípedo, en algunos casos necesitarás más de un peso en un vértice como, por ejemplo, pasa en las articulaciones, también lo puedes hacer por influencias, bueno me lio, mírate la ayuda del Physique que ahí te lo explican mejor.
Te recomendaría, antes de empezar con un modelo complejo, que uses un simple cilindro un par de huesos y el modificador skin, más simple que el Physique, más que nada para que aprendas los conceptos básicos.
Venga saludos.