uf. Mala solución tiene eso. Cuando a mí me ha sucedido, he tenido que volver a empezar. Eso se debe a que la posición inicial de la malla, es distinta a la posición inicial del esqueleto.
Salvo que alguien nos de una respuesta mejor (y así yo también lo aprendo), lo mejor es volver a empezar, poner la malla en una posición inicial y frezearla (freeze position & rotation), justo en el punto dónde está el esqueleto en la posición neutra, posición de la malla. Creo que por ahí lo llaman skin pose, y dejarlo en un frame anterior al 0, al que siempre puedas volver a repesar los vértices.
Yo he intentado muchas cosas distintas y no he logrado arreglarlo durante las varias veces que me ha ocurrido.
Si nadie más dice nada, ya puedes volver a empezar que ganaras tiempo. Suerte..