A ver si lo he entendido bien. Cada una de tus animaciones por separado se ve perfectamente, pero a la hora de juntarlas todas en un video, al exportar éste se te ve mal, ¿es así? Yo para trabajar, suelo hacerlo en secuencia de imágenes, no en movies, ya sea con secuencias de (*.jpg) o (*.tga), para conservar siempre la calidad bruta (en el (*.jpg) se pierde algo, pero es inapreciable), luego si de eso quiero sacar un video, dependiendo de para dónde sea éste (si es para ver en la televisión, para colgar de internet, para un CD), lo hago con una compresión u otra. El divx con suficiente bitrate da buena calidad para verlo en el ordenador, sin ocupar mucho espacio, el Indeo 5.1; QuickTime (*.jpg).
Para hacer que una animación a 30 frames por segundo vaya a menos frames, en la ventana del proyecto, en interpret footage, le pones que vaya a 25; 20, o 15 frames, y lo que hará será repetir frames para conseguir la nueva velocidad, claro que sí te pasas, veras saltos. Para hacer una cámara lenta sin repetir fotogramas, puedes usar retimer, que crea fotogramas intermedios entre los ya existentes, analizando el movimiento de uno a otro. Saludos.