Problemas con operación Booleana: Diferencia

Buenas.

Estoy realizando un proyecto donde tengo que aplicar una operación booleana de diferencia entre las dos mallas de la imagen y en ciertas trayectorias me da problemas y no me realiza la operación correctamente.

He probado a cerrar todas las superficies de los canales con Ctrol+Mayus+Alt+M y luego Alt+F pero no soluciona mi problema.

Si alguien sabe cómo solucionarlo por favor que se ponga en contacto. Un saludo.

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