Flash no es que se lleve mal con las imágenes, que si lo hace un, pero, es que, al exportar el documento swf el algoritmo de compresión en las imágenes comprime de forma diferente el centro de la imagen con respecto a los bordes de la misma.
A veces se soluciona creando un movieclip de la imagen, pero la mayoría de las veces lo que yo hago es exportar el (*.png) desde Photoshop con unos cuantos píxeles transparentes alrededor. Es decir, le cambio el canvas agrandándolo, por ejemplo, 5 o 10 píxeles por cada uno de los 4 lados y transparente.
Al importarlo a flash la imagen es un poco más grande porque te mantiene la parte transparente, pero suele dejar de hacer ese efecto de aguas.
Prueba y me cuentas.