Gabriel, me alegro que te sirva la información. Creo que interpretaste mal algo que dije cuando respondiste.
En un site, el user tiene o debería tener el control para interactuar y mediante ese poder, decide que contenido ver, (salvo que el sitio sea de mala leche).
Del otro lado está el diseño del site, pensado en base a como se mostraran los contenidos. Y es ahí dónde está el impacto negativo.
Porque puedes visitar un sitio, hacer click aquí y, allá y desconocer que aparecerá un popup, y es ahí donde se produce el efecto de una ventana emergente inesperada, y en muchos casos no deseadas. Que es el tema en cuestión.
Esta es mi visión personal del tema, por otro lado, podemos entrar en debate de los por qué? Son no deseadas, mal vistas, etc. Pero hay algo que va más, allá de cuestiones de gusto personal y es el tema del concepto de diseño de la web.
Toda web, funciona en un navegador, pero el user puede tener muchas páginas abiertas de uno o más sitios, y al plantear un popup, estas generando nuevo diseño fuera de la página, obligando a ver el contenido diversificado en una nueva.
A estas alturas y salvo raras exepciones es considerado un error de diseño, porque no tiene sentido tapar tu propio sitio con una ventana encima, (es un recurso que ensucia el diseño, le facilita la tarea al diseñador, y se la complica al que navega).
En otro orden de cosas, todo popup es javascript, no flash, aunque se puede escribir javascript dentro de un flash. Pero para el caso da igual porque el resultado es el mismo.
Con flash, puedes simular un popup si es que te gusta ese estilo.
Por último, aclararte que simular un popup no implica que se ponga pesado o que tarde más la carga, etc. Todo dependerá de cómo lo hagas. Cualquier cosa que veas en un navegador, es algo que ya bajó a tu máquina o (se esta descargando y visualizando), como en casos de streaming de audio / video / movieclips con precargas.
Si pones por ejemplo: 20 fotografías en un swf, naturalmente se pondrá pesado, porque haciendo un paralelismo a grandes razgos, equivaldría a abrir 1 popup con 20 fotografías, y sí, sería pesado.
Por eso lo recomendable es utilizar precargas progresivas de los contenidos, y poder ir desplegado lo cargado, mientras se cargan otros contenidos.
Si te interesa este tipo de solución, puedes buscaro en google con keywords como preloader o precargas flash. Vas a encontrar mucha información y tutoriales para el tipo de web que estas planificando.