Reinstalar Windows XP

Hola, tengo una pregunta, yo tengo instalado el Windows XP, pero quiero sacarlo y volverlo a instalar puesto que no anda bien, yo tengo instalado el Windows XP en una partición del disco destinada solo al sistema operativo, mi pregunta es que, si yo lo vuelvo a instalar en la misma partición tendré algún tipo de problema para hacer correr los programas (voy a formatear esa unidad) es decir si se pierde la ruta para ejecutar estos programas? Gracias por cualquier ayuda, saludos.

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