Pues bueno, no se podrá, pero vamos, con la explicación que has dado más bien das a entender que se puede. Porque tú lo hiciste, y no tuviste problema ninguno (facturaste, y luego pagaste una multa de 500 euros que era lo que te correspondía pagar además, por lo tanto, o yo entiendo mal o tal y como lo has contado puede compensar).
La multa que pagué no es tal, sino la parte de los impuestos (no recuerdo si iva o IRPF, nunca fui muy de economía) proporcional al importe del trabajo facturado.
En mi caso, facturaba entre 300 y 400 euros al mes durante unos 6 o 7 meses. Consideré absurdo tener que pagar casi 300 euros de autónomos al mes por facturar (pero insisto, por muy absurdo que me parezca, es ilegal), y no tenía la posibilidad de emitir una única factura al final por el importe total.
Yo lo hice, a sabiendas de que podría meterme en un berenjenal. Al inspector de hacienda no le servirá la excusa, llegado el caso, de que es que un tío me dijo en un foro que el no lo hizo y no le pasó nada. Yo te he contado lo que hay. Tú eres libre de hacer lo que se te antoje.