Ok, como hablas de bípedos, me imagino que estas usando el max. Lo más importante aquí es que todos los huesos tengan exactamente el mismo nombre y la misma estructura (o sea, los mismos huesos emparentados a los mismos huesos, el tamaño en realidad no importa), luego abres el archivo al que le quieres aplicar la animación, seleccionas el hueso base (si es una mano, sería el de la mano, asumiendo que todos los dedos estén emparentados a él, yo generalmente cuando hago un personaje completo le hago un hueso padre al que está emparentado todo el sistema), le das en el menú file a merge animation, escoges el archivo en el que está la animación ya hecha, y en la lista de objetos escoges el mismo hueso base, marcas subtree (para que te agarre todos los huesos) y le das a aceptar. Ya debería tener los mismos keyframes sin ningún problema.
También ahí mismo tienes opciones para el tiempo en que lo vas a pegar, si es absoluto o relativo, o exactamente que es lo que vas a pegar. Con esas opciones puedes mezclar varias animaciones diferentes en distintos tiempos, e incluso para distintas partes del personaje (brazos, piernas, etc). No es un sistema real de animación no lineal, pero peor es nada.