Creo que no te está funcionando bien el comando. De igual manera, lo que puedes hacer es extruir la curva esa, insertar la extrusión como quieres que quede dentro de la polisuperficie y después haces unos split, borras lo que sobra y unis todo. Que es más o menos lo que debería hacerte el comando makehole en un solo paso.
Espero que lo puedas resolver y también que sigas participando del foro de Rhino.