Tengo problemas al compilar Blender

El -j 2 creo que es para compilar con dos hilos a la vez. Puede que un hilo necesite de un fichero que el otro hilo aún no ha compilado.

No es posible. El make lanzara dos procesos que estén siempre al mismo nivel en la regla del makefile. De esta manera, no se intenta enlazar las librerías antes de que los objetos de los que depende estén compilados, etc.
().

Matizo: por lo que estoy viendo, el makefile de Blender ya lanza de por sí varios procesos (estoy viendo varios procesos de gcc y make tras usar únicamente make) eso sí que puede interferir si después se usa -j 2, ya que make no tiene forma de saber que los procesos que lanza están siendo subdivididos a su vez.