Tratamiento video ae Premiere e insercion en flash

Bueno compañeros, estoy aprendiendo edición y mensaje de video desde hace tiempo, pero aún soy bastante novato y más para lo que me planteo hacer deste hace días.

Os cuento.

Resulta que he creado varias composiciones en After Effects con el objetivo final de subirlas a una web insertándolas en un archivo de flash, hasta hay bien, he renderizado y creado las animaciones en avi y se ven limpias y sanas como el culo de un niño.

Mi siguiente paso ha sido usar Premiere para mosntar los clips de las composiciones que genere con After Effects, y aquí es donde empiezar mis problemas, en el visor de los archivos del proyecto las animaciones se ven bien, pero en el visor de la secuencia renderizada o no, se ve una perdida de calidad de cojones, los clips para la edición son en avi, y el archivo que creo para exportarlo a película también, y por supuesto al generarse es un fracaso, vibra, se crea el fenómeno ese del pixelado.

Además me queda el tercer paso que es insertar la pelicua en flash para transformar el archivo avi a un (*.flv) y reducir el peso para la web y ahí ya no os digo nada, ni usando el compresor Sorenson sparque ni el on2 vp6 me dejan bien la imagen, conclusión, el archivo (*.flv) generado dista mucho de la primera calidad que saque en los fragmentos para montar con After Effects.

Mi pregunta es, alguien sabe que estoy haciendo mal?
Cuando renderizo y exporto la película en Premiere debería usar otro archivo de salida que no fuera avi o alguna configuración en concreto?
Si alguien sabe algo del proceso adecuando para llevar a cabo este método o me aportarais algún conocimiento, me sería de gran ayuda y a todos los que os interese también. Un saludo y gracias de antemano.