Buenos días ya he solucionado el problema, aunque a mi modo por medio de Script y he tenido que volver a la versión de Unity que utilizaba, porque la más nueva me echaba a perder todo el progreso. La forma en que lo he solucionado es la siguiente:
– He montado las animaciones en el Animator con sus transiciones tal y como las tenía, de modo que si el personaje salta hace una transición del estado que tenga hacia otro estado agachado y de este agachado hacia otro saltando.
– Para evitar que las animaciones no sean fluidas porque el Animator no deja iniciar otra animación hasta no haber terminado una transición anterior he creado un tiempo de respuesta, por ejemplo; si pulsamos espacio el tiempo de respuesta se activa y empieza a contar a la vez que comienza a realizar la transición de agacharse para saltar y en cuanto ese tiempo de respuesta llega a un número reproduce la animación que quieras con GetComponent<Animator>().Play.
Hay que tener las animaciones preparadas para que encajen, porque lo que estamos haciendo es reproducir la siguiente animación mientras se está realizando una transición anterior, por lo que interrumpe la transición, pero si lo preparas bien no se nota nada y da la sensación de que una transición pasa a la otra.
Sé que es algo más tedioso y chapucero que poder hacer que Unity mezcle transiciones, pero a nivel jugable me ha quedado muy bien y no se ve nada raro tampoco. Solo espero que al reproducir el juego en otro PC mas viejo y que bajen los FPS no se me desajusten los fotogramas y me haga cosas raras por esto del tiempo de respuesta que he creado. Si alguien encuentra una solución mejor que lo diga.
Saludos.