Supongo que quieres ver los viewport en anaglifo para controlar mejor el proceso de trabajo, la verdad, dudo que haya un plugin para eso, aunque nunca se sabe.
Cuando trabajo en una escena estereoscópica, yo utilizo dos viewports, de modo que pueda visualizar la escena en estéreo simplemente usando la visión cruzada, no sé si conoces la técnica, pero, una vez dominada, es muy útil y sencilla.