A ver, como te ha dicho Otisnet, uno de los motivos de esas manchas es una malla mal modelada y, por desgracia, ese es tu caso.
Pero que barbaridad de polígonos, animal, no puedes pretender arreglar una malla mal modelada, a fuerza de subir el nivel de subdivisiones tu modelo debe verse correcto sin subdividir. Debes arreglar todas esas arrugas.
En tu escena se juntan varios problemas que son los responsables de las manchas:
1.- Yafray no funciona bien con objetos que se interseccionan.
solución: debes evitar que un objeto atraviese a otro (como en la vida real).
2.- Yafray no funciona bien si usas solo un fondo world para iluminar.
solución: debes añadir una luz (ejemplo: una Sun) que ilumine la escena.
3.- la geometría debe estar correctamente modelada, sin que más de 2 polígonos compartan una misma arista.
solución: debes hacer zoom en las zonas conflictivas y corregir la geometría. En tu caso lo peor esta alrededor de los cristales.
la primera imagen que te pongo es la misma escena, pero con los valores del caché (valores en la siguiente imagen) cambiados.
Como verás el problema baja bastante con estos valores, pero no se elimina del todo. Además, de que tarda más en renderizar.
En cambio la segunda imagen (calidad Low) tiene una luz tipo Sun y no usa caché ni fotones globales. En esta imagen no hay ni un solo artefacto.
Sobre tu otra pregunta:
Con el motor interno de Blender no tendrás artefactos, pero tampoco iluminación global, aunque supongo que, con Ambient Occlusion quedaría bien.