Z depth y mapas de opacidad

Saben si existe alguna forma alternativa para sacar un pase de z-depth a objetos con mapas de opacidad.

No, el z-depth hace el render sin importarle el Shading, con lo que todos los objetos son opacos.

Lo que se me ocurre si quieres sacar varias máscaras para esos planos es que en el render general no modifiquen el z y sacar máscaras por separado, asignas a toda la escena un material negro completamente, al primer objeto con transparencia un material con rojo puro en el ambient y negro todo lo demás, al segundo uno azul puro en ambient y negro todo lo demás, al 3º lo mismo, pero verde, y renderizas con Scanline, así tendrás en 1 mismo pase 3 máscaras de los objetos con transparencia, si hay más, haces lo mismo con el 4,5 y 6.

Y en postproducción utilizas esas capas para componer.